Несмотря на огромную занятость научной работой, Софья Васильевна проявляет интерес к литературному творчеству: она пишет рассказы, статьи, очерки.
В это время она осуществляет свою давнюю мечту, рассказать о революционном движении в России - пишет повесть "Нигилистка". Это история Веры Баранцовой, девушки, выросшей в богатой и родовитой дворянской семье.Интересной особенностью повести было то, что в ней достаточно полно отразилась личность самой Ковалевской. Автор ведет рассказ от первого лица, многие высказывания героини - это не что иное, как исповедь самой Софьи Васильевны.
Её драма "Борьба за счастье" (1887, совместно со шведской писательницей А. Ш. Леффлер-Эдгрен) ставилась в России, "Воспоминания детства" (1890) и другие произведения.
Софья Васильевна свидетельствуют о глубоком уме, широте общественных интересов, сочувствии революционной борьбе и идеям утопим, социализма.
Особое место в творчестве Ковалевской занимают стихи. Они не были предназначены для печати, а служили средством выражения чувств, которыми она хотела поделиться с людьми.

Если ты в жизни, хотя на мгновение
Истину в сердце своем ощутил,
Если луч правды сквозь мрак и сомнение
Ярким сияньем твой путь озарил:

Что бы в решенье твоем неизменном,
Рок ни назначил тебе впереди,
Память об этом мгновенье священном
Вечно храни, как святыню, в груди.

Тучи сберутся громадой нестройной.
Небо покроется черною мглой -
С ясной решимостью, с верой спокойной
Бурю ты встреть и померься с грозой.

Лживые призраки, злые виденья
Сбить тебя будут пытаться с пути,
Против всех вражеских козней спасень
В собственном сердце ты сможешь найти.

Если хранится в нем искра святая,
Ты всемогущ и всесилен, но знай,
Горе тебе, коль, врагам уступая
Дашь ты похитить ее невзначай!

Лучше бы было тебе не родиться,
Лучше бы истины вовсе не знать,
Недели, зная, от ней отступиться,
Чем первенство за похлебку продать.

Ведь грозные боги ревнивы и строги
Их приговор ясен, решенье одно:
С того человека и взыщется много,
Кому было много талантов дано.

Ты знаешь в писанье суровое слово:
Прощенье замолит за все человек,
Но только за грех против духа святого
Прощения нет и не будет вовек.