Уставом 1804 года были утверждены в том числе и программы для вновь учрежденных учебных заведений. Программы эти были очень обширными: «курс вообще страдал энциклопедизмом и необходимым его последствием - поверхностью выносимых из него знаний». Так, в учебную программу гимназий было включено «…кроме полных курсов: латинского, немецкого и французского языков … дополнительный курс географии и истории, включая в сию последнюю науку мифологию (баснословие) и древности, курс статистики общей и частной Российского государства, начальный курс философии и изящных наук, начальные основания политической экономии, курс математики чистой и прикладной, курс опытной физики и естественной истории; также начальные основания наук, относящихся до торговли, основание технологии и рисование». Не меньшим объемом отличалась программа и уездных училищ: «В сих училищах преподаются следующие учебные предметы:
1) Закон Божий и Священная история,
2) должности человека и гражданина,
3) российская грамматика, а в тех губерниях, где в употреблении другой язык, сверх грамматики российской, грамматика местного языка,
4) чистописание,
5) правописание,
6) правила слога,
7) всеобщая география и начальные правила математической географии,
8) география Российского государства,
9) всеобщая история,
10) Российская история,
11) арифметика,
12) начальные правила геометрии,
13) начальные правила физики и естественной истории,
14) начальные правила технологии, имеющей отношение к местному положению и промышленности,
15) рисование».
Так и в приходских училищах официально программа тоже была очень обширна по уставу 1804 года: «В сих училищах обучают чтению, письму и первым действиям арифметики, главным началам Закона Божия и нравоучения, читают с объяснением книгу: краткое наставление о сельском домоводстве, произведении природы, сложении человеческого тела и вообще о средствах к предохранению здоровья».
Постепенно становилось ясно, что отсутствует не только возможность преподавать такие программы, но и смысл в этом. «27 марта 1819 г. Главное Правление Училищ утвердило составленные Ученым Комитетом новые планы гимназий, уездных и приходских училищ… Из предметов гимназического курса были исключены мифология, всеобщая грамматика, начальный курс философии и изящных наук, основания политической экономии, коммерческих наук и технологии; взамен того было усилено преподавание языков, особенно древних и расширен курс географии и истории. Из курса уездных училищ исключены начала естественной истории и технологии и сокращены курсы географии и истории; латинский и немецкий языки сделаны обязательными только для готовящихся в гимназию. Для приходских училищ оставлены все предметы преподавания, положенные по уставу 1804 года». Однако, «энциклопедичность первого устава и после 1819г. в значительной степени сохранялась».
При этом надо отметить учебный курс в гимназиях высших наук и т.п., который был очень обширным. Например, в Университетском пансионе, где в конце 20-х - начале 30-х годов учился Д.Милютин, он был такой: «Учебный курс был общеобразовательный, но значительно превышал уровень гимназического. Так, в него входили некоторые части высшей математики (аналитическая геометрия, начала дифференциального и интегрального исчисления, механика), естественная история, римское право, русские государственные и гражданские законы, римские древности, эстетика. Из древних языков преподавался один, латинский; но несколько позже, уже в бытность мою в пансионе, по настоянию министра Уварова, введен был и греческий. Наконец, в учебный план пансиона входил даже курс «военных наук»!..».
С новым царём, с новыми реформами, с принятым новым уставом средних учебных заведений 1864 года, были утверждены и новые учебные программы. В ставших классическими гимназиях греческий язык был сделан обязательным, появилась космография, церковно-славянский язык, естественная история (краткое наглядное объяснение трёх царств природы), исчезла логика и остался только один новый язык. Осталось усиленным преподавание латинского и греческого языков, хорошо преподавалась и математика.