25 апреля 1483 года Леонардо вместе с другими художниками, Эванджелистой и Амброджио да Предисом, заключил договор с Братством Непорочного Зачатия, по которому обязывался написать образ Мадонны. Но работа затянулась на несколько лет.

Эта картина получила название "Мадонна в скалах". Леонардо долго и тщательно продумывал сюжет, после долгого раздумья художник нашел новую, еще не разу не изображавшуюся сцену.

На фоне какого-то фантастического пейзажа, в пещере, образованной диким нагромождением скал, похожих на сталактиты, расположилась небольшая группа. В середине - Мадонна. Чуть склонив голову набок, она наблюдает за маленьким Иисусом. Лицо и вся поза Мадонны выражают глубокое спокойствие. Мадонна одета в широкое платье, ниспадающее тяжелыми, крупными складками. Платье Мадонны нарисовано так, что чувствуется даже ткань его.

Правой рукой Мадонна касается Иоанна. Она как бы подталкивает его к Иисусу. Левую руку Богоматерь простерла над сыном. Обе руки выписаны с удивительным мастерством; кажется, что они находятся в движении.

Фигуры мальчиков так жизненны и непринужденны, что только пальчики Иисуса, сложенные для благословения, нимбы да крест Иоанна напоминают о том, что на картине изображены святые.

Цвета в этой картине приглушены, отчего лица и тела на первый взгляд кажутся покрытыми мертвенной бледностью. В такой цветовой гамме нашли отражения и результаты долгих размышлений, исследований художника в области светотени и поисков методов, "как сделать фигуры пластичными". В результате цвет воздействует не на зрение, а непосредственно на ум.

Картина была заказана миланским Братством, возможно, поэтому она была переписана. Миланцам не нравилась или, может быть, неизвестна флорентийская традиция изображения Иоанна Крестителя в детском возрасте, и они потребовали выделить Иоанна с помощью креста. Вполне вероятно, что они попросили сделать и нимбы, которые до этого появлялись у Леонардо лишь в самых ранних работах. Можно утверждать, что многие детали картины бесспорно его, однако, написав все, что его интересовало, он переложил остальную часть работы на учеников и, возможно, на своего соавтора да Предиса.

Все, начиня от нависших над голвой Мадонны скал и кончая фигурой коленопреклонного ангела, направлена к тому, чтобы зритель как можно более реально ощутил глубину прстранства. Вся сцена озарена тихим вечерним светом, исходящим из глубины пещеры и распространяющимся на лица и фигуры.